Per spiegare la differenza fondamentale  fra antibiotici e farmaci analizziamo i rapporti. Per i farmaci la relazione è tra il dottore, il farmaco e il paziente. Invece per gli antibiotici c'è un'interazione ulteriore, cioè l’ambiente. Qualunque prescrizione io faccia dì antibiotico impatta sull'ambiente, poiché qualunque agente patogeno biologico viene in qualche modo in contatto con l'ambiente e quindi potenzialmente con altri pazienti, animali e operatori sanitari circostante quindi potenzialmente con altri pazienti e operatori sanitari. Si tratta quindi poliedro estremamente complesso, che ha portato anche la riflessione culturale e sanitaria a  parlare di One Health (per cui è necessario immaginare la salute umana come un insieme di interazione assai complesse che riguardano sia la salute umana, ma in senso stretto ma anche la salute animale e dell’ambiente). Si parla anche di interazioni e interconnessioni a volte molto strette, a volte ancora sconosciute e tutte da esplorare.

Gli antibiotici hanno un ruolo fondamentale nell'ambito di queste interazioni, perché come forse molti sanno, l'utilizzo di antibiotici in medicina veterinaria è diffusissimo e quindi è impensabile immaginare programmi di buon uso e di appropriatezza prescrittiva degli antibiotici in medicina umana. Senza considerare anche tutto ciò che avviene nell'ambito della medicina veterinaria, adesso andiamo ad analizzare come agiscono gli antibiotici.       Ci sono tanti meccanismi di azione, inanzi tutto si ha un'azione sulla parete batterica,  ovvero l'involucro. Come certamente sapete, l'involucro rigido è il più esterno della cellula batterica e direi che la gran parte degli antibiotici, agiscono proprio sulla sintesi della batterica. L’azione avviene provocando un'azione battericida sul germe stesso. 

I betalattamici sono i farmaci dotati di un anello betalattamico o similare che derivano dalla penicillina. Non solo i betalattamici sono farmaci che agiscono sulla parete batterica, ma lo fanno anche i glicopeptidi. Abbiamo farmaci che agiscono sulla membrana citoplasmatica (come la colistina la daptocina), grandi gruppi grandi classi di antibiotici che hanno la loro lavorazione battericida sulla sintesi proteica (che sono gli aminoglicositi, le tetracicline e la terracillina, la tigesciclinica,la clindamicina, il linezodil e i macrolidi). Abbiamo poi dei farmaci un po' più particolari, ma anche essi diffusamente utilizzati, che agiscono sulla sintesi degli acidi nucleici (come i chinoloni, trimetoprim, sulfamidici, rifampicina e metronidazolo). Ci sono alcune grandezze importanti da considerare quando studiamo l’azione dei farmaci antibatterici, uno sono di questi è la farmacocinetica. Quest’ultima studia sostanzialmente l'assorbimento, la diffusione, la metabolizzazione e l'eliminazione degli antibiotici. Nella farmacocinetica l’assorbimento è molto importante, anche perché ha a che fare con la capacità di assorbire un determinato farmaco e quindi la sua cosiddetta biodisponibilità.

Se si ha un antibiotico che può essere assunto per via orale ed è importante che noi sappiamo quanta quota del farmaco che noi stiamo dando per via orale, verrà poi effettivamente assorbito e quindi risulterà disponibile nel torrente circolatorio e quanto tempo ci metterà. Un altra caratteristica importante è la diffusione che riguarda il legame proteico, la liposolubilità e altre grandezze. Ci sono alcuni organi o alcuni distretti in cui la diffusione di determinati farmaci può essere particolarmente difficile, uno di questi è l'endocardio.

Questo comporta un’ importate difficoltà nel trattamento delle endocarditi batteriche. Questo comporterà  anche dosaggi molto elevati e tempi di trattamenti prolungati.Lo stesso discorso è valido per il sistema nervoso centrale, dove non tutti i farmaci penetrano. Questo può essere cruciale in malattie altrimenti letali. In questo caso si ha la necessità di utilizzare farmaci che abbiano una buona penetrazione del sistema nervoso centrale. Gli studi di farmacocinetica ci dicono quanta concentrazione relativa tra il distretto plasmatico e il distretto liporale ogni farmaco può realizzare. Una distinzione importante può essere quella tra meningi integre o a meningi infiammate. L'osseo, è per esempio è un altro distretto molto difficile proprio per le sue caratteristiche di vascolarizzazione, essendo un distretto molto difficile da raggiungere con i farmaci. Nel caso di infezioni (soprattutto nelle infezioni croniche dell'osso) dovremmo avere a disposizione farmaci con una elevata penetrazione a livello osseo, cosa che è molto difficile da ottenere dal punto di vista chimico.  Sarebbero necessari, inoltre, dei dosaggi molto elevati e dei tempi di trattamento molto prolungati. La prostata è un altro esempio di un organo difficile da raggiungere, per cui nelle prostatite acute (in cui c'è una infiammazione molto vivace e quindi una vascolarizzazione anche molto accentuata), i farmaci raggiungeranno nell'organo una certa concentrazione.